[21]不过，尽管如此，国王仍然保留了行政权：枢密院、大臣都是他行使行政权的手段。
（四）部分行政许可事项原本不应当设定 《行政许可法》第13条规定，行政相对人能够自主决定、通过市场机制或者社会自治能够解决的，可以不设行政许可。2004年6月29日，国务院发布《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》(国务院令第412号)，共设定了500项行政许可。
二是延续原来的行政审批制度，将国务院部门设定的行政许可通过决定方式予以保留并设定行政许可，对于没有及时设定行政许可而又须保留的审批行为，将其界定为非行政许可审批、核准、备案等行政行为，规避《行政许可法》适用。我国需要重新界定行政许可的范围，凡是公民、法人或者其他组织的活动事前需要行政机关批准的，都应纳入行政许可的范围，受《行政许可法》约束。存在这些问题，与国务院设定行政许可不规范有很大关系。首先，《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》、《国务院关于投资体制改革的决定》及《国务院办公厅关于保留部分非行政许可审批项目的通知》大量增设了行政许可项目。对此问题，国务院正在逐渐调整，2014年4月14日，国务院发布《关于清理国务院部门非行政许可审批有关事项的通知》(国改[2014]16号)，该通知要求，取消非行政许可审批这一审批类别，将面向公民、法人或者其他组织的非行政许可审批事项取消或依法调整为行政许可，将面向地方政府等方面的非行政许可审批事项取消或者调整为政府内部审批事项。
对于行政审批制度改革而言，国务院设定行政许可的实践阻碍了行政审批制度改革。经过十余年的实施，《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》中设定的多数行政许可已被取消或者调整，部分行政许可项目已通过制定或者修改法律、行政法规确认，其余行政许可项目也可通过市场、社会自治等解决，无必要再保留行政许可项目。国务院设定行政许可的实践并未充分考虑《行政许可法》的这一规定，通过行政相对人自主决定、利用市场机制和社会自治能够解决的事项，被国务院设定了行政许可。
[10]这说明，国务院决定设定的行政许可也不具有临时性，而是长期实施的行政许可。在保留、新设行政许可的同时，国务院也在不断取消和调整行政许可项目。设定行政许可事项包括行政许可事项本身、实施机关、实施条件、实施程序等内容，但国务院设定行政许可时，大多只规定了许可事项及实施机关，大多未规定实施条件及程序。但在《行政许可法》生效前两天，《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》将原由国务院部委规章及其他规范性文件设定的行政许可予以保留，并设定为行政许可，实际上是将国务院部门规章及其他规范性文件设定的行政许可效力予以延续，这与《行政许可法》取消部门规章及其他规范性文件设定行政许可的精神相违背。
2002年8月23日，时任国务院法制办公室主任杨景宇在第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议上对《中华人民共和国行政许可法[草案]》所作说明就指出，行政许可[也就是通常所说的行政审批]，是行政机关依法对社会、经济事务实行事前监督管理的一种重要手段。且《行政许可法》第17条规定，除法律、行政法规、国务院决定、地方性法规和省、自治区、直辖市人民政府规章外，其他规范性文件一律不得设定行政许可。
（二）国务院设定行政许可的方式 按照《行政许可法》第12条规定，国务院设定行政许可有两种方式：一是制定行政法规设定行政许可。有学者认为，《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》设定的500项行政许可存在数量庞大、个别主体不规范以及没有及时转化为法律、行政法规所设定的常规性行政许可等问题。2004年国务院发布决定设定了500项行政许可，随后又以取消或者调整行政审批的决定大量废除或者变更这些行政许可，这种做法说明国务院2004年保留设定的500项行政许可未经过充分论证。事实上，不管从中央还是地方的情况来看，都有为数不少的行政许可项目被纳入了非行政许可审批的范围，规避了《行政许可法》的约束。
行政许可是对一般禁止的解除，涉及对公民、法人及其他组织权利的限制，设定行政许可是一种立法行为。二是发布决定设定行政许可。如果法律已设定行政许可，国务院应当依据《行政许可法》第16条的规定，在法律设定的行政许可事项范围内，对实施该行政许可作出具体规定，而不能增设行政许可。在有些情况下，也需要国务院采取临时性的行政许可措施。
以《国务院办公厅关于保留部分非行政许可审批项目的通知》[国办发[2004]62号]保留的非行政许可审批项目目录为例，对该目录稍作分析便知，有一些项目显然不是非行政许可审批项目，而是地地道道的行政许可项目。因此，分析国务院设定行政许可实践，研究国务院设定行政许可行为对《行政许可法》实施的影响及对我国建立现代国家治理体系的影响，将有利于我国行政审批制度改革和行政许可设定制度的完善。
国务院办公厅在设定行政许可中也发挥了作用。从国务院设定行政许可的实践可以看出，国务院设定行政许可往往在封闭环境中运行，设定程序并不公开和透明，社会公众与专家参与不多，导致设定的行政许可事项论证不充分。
[7]2014年4月14日国务院发布的《国务院关于清理国务院部门非行政许可审批项目的通知》指出，一些部门通过各种形式又先后设定了一批非行政许可审批事项，其中既有属于政府内部管理事务的事项，还有以非行政许可审批名义变相设定的面向公民、法人或其他组织的行政许可事项。[16]还有学者认为，从《行政许可法》的规定来看，决定中的审批制和核准制并没有实质的区别，两者均属于普通行政许可，只是在审批环节和程序上不同而已。《行政许可法》第14条规定，法律可以设定行政许可，尚未制定法律的，行政法规可以设定行政许可。[4] 《行政许可法》生效已逾10年，虽然国务院及办公厅多次开展取消、调整和下放行政许可权工作，省、自治区、直辖市人民政府也普遍开展了行政审批制度改革，我国仍然存在行政审批项目过多和设定不规范问题，还存在将核准、备案等排除在行政许可之外以规避《行政许可法》约束等问题。为了控制行政许可设定，国务院于2013年9月19日发布《国务院关于严格控制新设行政许可的通知》（国发[2013]39号），提出严格控制新设行政许可，切实防止行政许可事项边减边增、明减暗增，明确今后起草法律草案、行政法规草案一般不新设行政许可，确需新设的，必须严格遵守《行政许可法》的规定，严格设定标准。再次，国务院未按照《行政许可法》规定程序设定行政许可。
从国务院变更行政许可的实践看，国务院变更的行政许可包括行政法规及国务院决定设定的行政许可，还包括法律设定的行政许可。2004年7月16日，国务院发布《国务院关于投资体制改革的决定》，将企业不使用政府投资建设的项目由审批制改为核准制，并发布《政府核准的投资项目目录》[2004年本]，将100余个投资项目纳入政府核准投资项目，实行核准制。
《政府核准的投资项目目录（2004年本）》列举的大量核准项目实际上属于行政许可。（一）未遵循行政许可由法律设定原则 行政许可由于涉及对个人权利与自由的一种限制，因此，从合法性角度而言，必须对设定权予以限制，防止未得到法律授权的主体违法设定行政许可，干预个人权利与自由。
国务院不遵循行政许可由法律设定原则，其结果是国务院设定行政许可权不受限制，随意设定、取消或者废止行政许可。[5]国务院发布的行政法规和规范性文件通过北大法宝《中国法律法规规章司法解释全库》检索所得(最后访问时间：2014年8月26日)。
因此，我国应当修改《行政许可法》，增加保留事项，明确一些行政许可只能由法律设定。[11] （三）国务院设定行政许可程序不规范 《行政许可法》第19条规定：起草法律草案、法规草案和省、自治区、直辖市人民政府规章草案，拟设定行政许可的，起草单位应当采取听证会、论证会等形式听取意见，并向制定机关说明设定该行政许可的必要性、对经济和社会可能产生的影响以及听取和采纳意见的情况。在此背景下，国务院加大了设定行政许可力度，通过行政法规、决定及其他规范性文件形式，不断设定、取消和调整行政许可，实践表明，国务院已成为行政许可主要设定主体。很明显，国务院选择了第二种方案，这种方案的负面影响是十分明显的。
[15]有学者就认为，在确定非行政许可审批的范围时，有可能为本来应该属于行政许可的审批项目变成为非行政许可审批项目留下机会。[18]见2013年9月19日国务院发布的《国务院关于严格控制新设行政许可的通知》(国发[2013]第39号)。
国务院部委是国务院工作部门，《行政许可法》取消了国务院部委设定行政许可的权力，但国务院部门采用设定核准、备案等措施，实际上也设定了行政许可。这种授权方式并不符合《行政许可法》精神，《行政许可法》要求国务院设定行政许可时规定行政许可实施条件，行政许可的条件应由国务院规定。
2009年1月29日，国务院发布《国务院关于修改〈国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定〉的决定》（国务院令第548号），对《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》中第12项、第373项和第374项行政许可项目作出修改。《行政许可法》取消了国务院部委行政许可设定权，并对省级人民政府设定行政许可进行了严格限制。
该决定仅规定了行政许可项目名称和实施机关，未规定实施行政许可的条件，而是授权国务院有关部门对实施行政许可的条件作出具体规定。《行政许可法》颁布后，国务院成为我国行政许可最主要设定主体。[12]沈福俊：《部门规章为什么没有行政许可设定权》，载《政治与法律》2005年第6期。仅仅在412号令公布后不久，并且以比较笼统的形式规定众多的投资审批项目，可以说决定对《行政许可法》的实施构成了程序的冲击。
将原本属于行政许可的措施界定为非行政许可审批、核准、备案等，实际上缩小了行政许可范围，规避了《行政许可法》在这些领域的实施。但在行政许可设定实践中，国务院设定行政许可的方式增加为制定行政法规、发布决定、发布其他规范性文件等方式。
规定行政许可条件，也属于设定行政许可的范畴，国务院授权部委规定行政许可实施条件，显然违反《行政许可法》第17条规定。事业单位作为公务法人，在行政管理过程中，他是行政相对人，与行政机关之间是行政管辖法律关系，这种关系和行政机关与企业的关系并无区别，行政机关对其直接管理的事业单位的人事、财务等事项，也应当纳入《行政许可法》规范范畴。
[3]还有学者认为，部分本来属于行政许可的审批项目被纳入非行政许可审批项目范围保留下来，规避了《行政许可法》的约束。选择第一种方案，修改或者新制定法律、行政法规的工作量相对较大：选择第二种方案，原行政审批制度得到较好延续，但这种方案的前提是不完全执行《行政许可法》。